طراحی STR برای تمام ژن های دخیل در اختلالات ژنتیکی این STRها که در پیوستگی با ژن های مذکور (در فاصله کم تر از یک سانتی مورگان) قرار دارند و از طریق پایگاه داده های بین المللی یا نرم افزارهای موجود طراحی می گردند.
STRهای شناخته شده:
این STR ها از پایگاه داده هایی چون NCBI، UCSC با بررسی های دقیق انتخاب می گردند.
Novel STR:
با استفاده از نرم افزار های ServSequence ، TRF می توان STRهای جدید که در پیوستگی قطعی با ژن هدف قرار دارند را پیدا نمود .