توالی یابی

تعیین توالی DNA تکنیکی است که از دهه ۷۰ درجهان آغاز شد و روشی برای شناسایی توالی بازهای موجود در ژنوم (A,T,C,G) مي باشد. تعيين توالي تشخيصی جهت تشخيص موتاسيون (جهش) و … وتعيين توالي تحقيقاتی معمولاً جهت شناسايي توالی ژن های جدید مورد استفاده قرارمي گیرد.

معرفی روش Sanger sequencing

روش Sanger برگرفته از نام فردریک سنگر می باشد. این دانشمند برجسته برنده جایزه نوبل در سال ۱۹۵۸ برای شناسایی توالی اسید آمینه پروتئین و در سال ۱۹۸۰ برای تعیین توالی DNA است. در شکل زیر جزئیات این روش را ملاحظه می فرمایید:

روش کار:

در ابتدا با اضافه کردن “ddNTPs ” واکنش های تفکیک شده انجام می گردد. سپس در ۴ ستون مختلف ژل، Gel running صورت می گیرد. در انتها توالی ها از قسمت پایینی ژل خوانده می شوند: (قطعات کوتاهتر بدلیل سبک بودن از لحاظ جرم مولکولی در قسمت های پایینی ژل قرار می گیرند)

در مرحله بعدی به منظور ردیابی محصولات واکنش، بایدآنها را با رادیواکتیو یا فلورسانس نشاندار کرد، در این مرحله محصولات نشاندار شده تحت تابش اشعه لیزر قرار می گیرند که در نهایت با آنالیز دستگاه sequencer ، نتایجی مشابه شکل زیر بدست می آید:

کیفیت گراف ها و دقت نتایج بدست آمده، با چگونگی تهیه نمونه، ارتباط مستقیم دارد.نمودار فوق مربوط به نمونه ایی است که طبق الگوی پیشنهادی تهیه شده است، همانطور که در شکل ملاحظه مي شود، تمامی پیک ها کاملا واضح بوده و به درستی نوع بازهای آن تشخیص داده شده است . درحال حاضر معتبرترین شرکت سازنده دستگاه های Genetic Analyzer یا همان Sequencer فعالیت دارد Applied bioSyestems-ABI مي باشد. گروه ژنتیک کدون خدمات تعیین توالی به روش Sanger را بوسیله دستگاه ۳۱۳۰XL Applied bioSyestems-ABI با بالاترن کیفیت ظرف مدت ۱ تا ۴ روز به محققان عزيز ارائه مي دهد.

تفسیر:

در بخش آنالیز توالی گروه ژنتیک کدون تفسیر داده های خام( خروجی دستگاه سکانسر) با استفاده از نرم افزارهای قوی و به روز صورت می پذیرد، این نرم افزارها شامل :

  • Chromas v
  • Chromas Pro
  • Finch
  • Mutation Survayor

همچین قابلیت تعیین بیماری زا بودن پلی مورفیسم ها و Indel های شناسایی شده در توالی مورد بررسی با استفاده از نرم افزارهای ذیل تعیین می گردد:

  • Mutation Taster
  • Polyphen
  • SIFTPANTHER
  • Mutation@glance